Sundhedsstyrelsen rådgiver andre myndigheder om hygiejne, og udarbejder overordnede retningslinier om hygiejne i forbindelse med særlige smitsomme sygdomme (fx. MRSA). Derudover udarbejder Sundhedsstyrelsen også anbefalinger om hygiejne i daginstitutioner.
Embedslægerne i den regionale del af Sundhedsstyrelsen kan rådgive myndigheder på lokalt plan (regioner og kommuner), og rådgive om hygiejne i daginstitutioner, plejehjem (og på arbejdspladser) i forbindelse med udbrud af smitsomme sygdomme.