Sundhedsstyrelsens opgaver varetages af en række enheder og centre, der arbejder sammen på tværs inden for faglige områder.
Enhederne ligger geografisk fordelt rundt i landet. De fleste findes i Havnestaden i København, mens embedslægeinstitutionerne er placeret i Aalborg, København, Ribe, Sorø og Højbjerg ved Århus, og Statens Institut for Strålebeskyttelse ligger i Herlev ved København.
Embedslægerne har en væsentlig opgave i at følge sundhedstilstanden i de enkelte regioner og kommuner. De sagkyndige rådgivere bliver inddraget i løsningen af opgaver, der kræver en særlig specialiseret sundhedsfaglig viden.